O Iepé, visando promover a articulação entre as organizações indígenas locais e o diálogo com as entidades que atuam, direta ou indiretamente, junto aos povos indígenas do Amapá e norte do Pará, mantém o programa de articulação regional voltado para três focos principais interdependentes: articulação entre populações indígenas, meio ambiente e difusão cultural.