Este programa, iniciado em 1992, foi um dos núcleos que deu origem ao Iepé - Instituto de Pesquisa e Formação em Educação Indígena em novembro de 2002. Voltado à formação comunitária dos cerca de 650 Wajãpi que vivem na região do rio Amapari, no Amapá, o programa articula uma série de ações e projetos nas áreas de educação escolar, educação em saúde, controle territorial e ambiental, apoio à auto-gestão, fortalecimento político e valorização do patrimônio cultural indígena.

Em seus primeiros anos de existência, o Programa Wajãpi apoiou a formação do Conselho das Aldeias Wajãpi - Apina, constituído pelos chefes de todos os grupos locais que atualmente convivem na Terra Indígena Wajãpi, e desde então o programa vem sendo desenvolvido em parceria com esta organização indígena.

Entre os principais resultados alcançados ao longo de sua existência, destacam-se a demarcação e permanente fiscalização da terra wajãpi, a formação progressiva de professores e agentes de saúde indígenas e a consolidação do padrão tradicional de ocupação territorial dos Wajãpi, que é fator decisivo para a manutenção de sua qualidade de vida e para a conservação ambiental de seu território.

Nos últimos anos o Programa Wajãpi contou com o apoio de diversos parceiros importantes, como a Fundação Mata Virgem da Noruega (RFN), o Projeto Integrado de Apoio às Populações e Terras Indígenas da Amazônia Legal da Fundação Nacional do Índio (PPTAL/FUNAI), a Cooperação Técnica Alemã (GTZ), a Secretaria de Estado de Educação do Governo do Estado do Amapá (SEED/GEA), a Coordenação Geral de Educação Escolar Indígena do Ministério da Educação (CGEEI/MEC), o Ministério do Meio Ambiente (MMA), o Museu do Índio/FUNAI e o Distrito Sanitário Especial Indígena do Amapá e Norte do Pará (DISEI/AP), entre outros.