Este programa, iniciado em 1992, foi um dos núcleos que deu origem ao Iepé - Instituto de Pesquisa e Formação em Educação Indígena em novembro de 2002. Voltado à formação comunitária dos cerca de 650 Wajãpi que vivem na região do rio Amapari, no Amapá, o programa articula uma série de ações e projetos nas áreas de educação escolar, educação em saúde, controle territorial e ambiental, apoio à auto-gestão, fortalecimento político e valorização do patrimônio cultural indígena.

Na região do Uaçá e do baixo Oiapoque, várias atividades vêm sendo realizadas com a colaboração e orientação direta ou indireta de sócios e assessores do Iepé.