O objetivo central do Iepé é contribuir para o fortalecimento cultural e político e para o desenvolvimento sustentável das comunidades indígenas que vivem no Amapá e norte do Pará, proporcionando-lhes assessoria especializada e capacitação técnica diversificada para que se organizem e possam enfrentar de forma articulada os desafios crescentes que se colocam hoje às suas comunidades e organizações, para a defesa de seus interesses. Partimos do pressuposto de que a consolidação de um movimento de articulação entre os grupos indígenas da região, em torno de questões de interesse coletivo, é também a melhor maneira de fortalecer suas organizações representativas frente aos seus interlocutores externos.