A criação do Iepé, em setembro de 2002, resultou da formalização de relações de cooperação já existentes entre os sócios fundadores, para o desenvolvimento de trabalhos de pesquisa e de assessoria direta às comunidades indígenas do Amapá e norte do Pará. Assim, o Iepé integrou a equipe que idealizou e, dentro do Centro de Trabalho Indigenista, conduzia as atividades do Programa Wajãpi desde 1992, com ambientalistas que vinham atuando na região em foco e com antropólogos ligados ao Núcleo de História Indígena e do Indigenismo, da Universidade de São Paulo, e ao Museu Paraense Emilio Goeldi.

Os sócios fundadores reconheciam que, a médio e longo prazo, a continuidade das atividades que realizavam junto a esses grupos indígenas deveria ser potencializada por meio de linhas de trabalho e formas de articulação de caráter regional, capazes de fortalecer o diálogo e cooperação entre as comunidades e organizações indígenas locais.

Desde sua criação, o Iepé tem procurado elaborar projetos que permitam uma ampliação dos trabalhos em curso junto as comunidades indígenas da região, consolidando ações em andamento e iniciando novas modalidade de atuação.