O Iepé possui foco de atuação regional. Seus trabalhos desenvolvem-se atualmente no Amapá e norte do Pará, podendo se estender eventualmente para outras áreas indígenas na região conhecida como "Guiana Brasileira ".

Os povos indígenas que vivem no Amapá e Norte do Pará são falantes de diversas línguas, Caribe, Tupi e também Aruaque. No entanto, a etnologia e a história indígena da região evidenciaram que a intensa rede de trocas e intercâmbios que esses grupos mantêm entre si há vários séculos configurou um " perfil " regional, com semelhanças marcantes tanto em suas formas de organização social e sua cosmologia, quanto nos seus padrões de adaptação aos ambientes da floresta tropical.

Todos os grupos dessa região possuem uma longa história de relações com segmentos da população regional, mas mantiveram um isolamento relativo até os anos 80 e 90. Nas últimas duas décadas, ações e intervenções de múltiplos agentes tem se incrementando, contexto no qual suas condições de vida vêm sendo alteradas significativamente, assim como seus modos de adaptação ecológica e, de modo geral, vêm se modificando de forma acelerada seus padrões e modos de pensamento tradicionais.

Todas essas questões relacionadas à mudança sócio-cultural são assuntos prioritários para a formulação de ações diretas junto aos grupos indígenas, bem como para a discussão das políticas públicas com as quais o Iepé se propõe a contribuir.